Titulaire d’un doctorat en science politique de l’université Paris-Nanterre, Sidi N’Diaye consacre ses recherches aux violences de masse, aux processus de sortie de conflit et aux politiques mémorielles en Afrique. Ses travaux doctoraux ont analysé les violences raciales survenues en 1989 en Mauritanie, en éclairant leurs origines structurelles ainsi que le processus de réconciliation nationale engagé à partir de 2005.

Dans le cadre de ses recherches postdoctorales menées entre 2013 et 2016 à l’Institut des sciences sociales du politique (ISP) et au Center for Advanced Holocaust Studies de Washington, il a développé une approche comparative appliquée aux « meurtres de voisins » et aux logiques de légitimation de la violence extrême au Rwanda et en Pologne. Ses orientations de recherche actuelles s’articulent autour des enjeux de justice transitionnelle en Mauritanie.